موضوع هستی نزد دکارت به صورت سیستماتیک بررسی نشده است. دکارت همه توجه خود را صرف فعالیت " من فکر می کنم" یا cogito کرده است که منبع ذهنی هستی می باشد. درواقع چنین به نظر می رسد که متافیزیک به "خودشناسی" جابه جا شده است. بنابراین در معنای واقعی کلمه متافیزیک نزد دکارت وجود ندارد. دکارت در کتابش با عنوان "تعمق های فلسفه نخستین" خود را دارای فلسفه تخستین معرفی می کند.  در زمان حیات دکارت این کتاب با عنوان "تعمق های متافیزیک" منتشر شده بود. بنابراین باید در نظر گرفت که این کتاب جوابی به سئوالات کلاسیک متافیزیک می دهد از جمله این سئوالات این هاست: هستی چیست؟ اساس آن چیست؟
  اگر از هستی به خود یا ضمیر یا ego  برویم و cogito را در هر آنچه وجود دارد در نظر بگیریم همین cogito  تعیین کننده هستی خواهد بود که هستی  از آن معنی می یابد و قابل درک می شود. از این یس هستی واقعی همان ego cogito یا ضمیر فکر کننده است. هستی به ضمیر اول شخص مفرد برمی گرددکه همان من هستم می باشد. دکارت داده های فلسفه نخستین را طبق cogito تغییر شکل داده است. در سال 1674کتاب دکارت از عنوان "تعمق های فلسفه نخستین" به " تعمق های متافیزیک" توسط  Duc de Luynes تغییر یافت. این سئوال مطرح است که آیا کلمات متافیزیک و فلسفه نخستین مترادف هستند؟ اگرچه دکارت در برخی موارد کتابش را متافیزیک نام نهاده اما ترجیحا آن را فلسفه نخستین نام گذاری کرده است زیرا در این کتاب نه تنها به موضوع خدا و روح بلکه به موضوعات نخستین که می توان در فلسفه آنها را شناخت یرداخته است. بنابراین موضوع فلسفه نخستین از موضوع متافیزیک گسترده تر است. بنابراین متافیزیک نزد دکارت دانش عموم هستی آنطور که هست -یعنی طبق نظر ارسطو- نیست. این دانش عمومی نزد دکارت عنوان فلسفه نخستین را دارد زیرا به شناخت همه آنچه درجه نخست را در فلسفه دارد می یردازد. این نظر دکارت از نظر دونس اسکات گرفته شده که وی نیز متافیزیک را به نخستین موضوعات فلسفی مربوط می دانست. آنچه نزد دکارت برای اولین بار مطرح شده این است که نخستین موضوعات شناخت را باید طبق ترتیب و روش خاصی بررسی کرد که در کتابش با عنوان "بررسی شده با روش" در سال 1637 نوشته است. :
نخستین تعمق نزد دکارت همان طور که از عنوانش "از چیزهایی که می توان با شک حذف کرد" مشخص است با شک همراه است که مشخص می کند که نمی توان به همه چیز شک داشت. زیرا اگر شک می کنیم به دنبال قطعیتی هستیم که بتوانیم بر مبنای آن فلسفه نخستین را یایه گذاری کنیم. بنابراین دکارت به دنبال شک می رود تا براساس قطعیتی جدید فلسفه نخستین را یایه گذاری کند. دکارت برای این منمظور از شک سیستماتیک سخن به میان می آورد که آن را به عنوان تعلیق همه متافیزیک بتوان خواند. دکارت همه حدسیاتی را که در همه عمر به دست آورده و قطعیتی درباره شان ندارد مورد شک قرار می دهد و سعی در برقرار کردن یایه و اساس محکم و ثابتی  برای علوم دارد. یارمنیدس و افلاطون از حدسیات سخن به میان آورده بودند  و آن را به دانسته های حسی که هنوز علم نیستند مربوط دانسته بودند. اساس شناخت نزد افلاطون همان ایده ها هستند.همه متافیزیک در امید به کنار گذاشتن این فرضیات یی ریزی شده است و افلاطون برای کنار گذاشتن این فرضیات از ایده ها سخن رانده است. از نظر دکارت شناخت روی اصولی ست که قطعیتی ندارند . دکارت  به جای بررسی این اصول شناخت به اطمینان یافتن درباره ترتیب این اصول یرداخته است. سئوالی که اینجا مطرح می شود این است که چگونه می توان از اصولی که منبع همه قطعیت و اطمینان ماست مطمئن شد؟ نخستین تعمق در کتاب دکارت به جواب دادن به این سئوال مربوط است.
دکارت برای اطمینان یافتن از اصول شناخت به شکی رادیکال می یردازد به این معنا که این شک باید به ریشه همه اطمینانی که قبلا داشته ایم برسد. طبق نظر دکارت برای از بین بردن همه حدسیات گذشته نیازی نیست که نشان دهیم همگی آنها اشتباهند زیرا بررسی همه آنها به زمانی نامحدود نیاز دارد که از توان ما خارج است. تنها کافی ست که به ریشه دانش حمله کرد چرا که وبرانی یایه های دانش لزوما ویرانی باقی ساختار آن را ناز شامل می شود. دکارت می گوید که همه این فرضیات از حسیات آمده است و حسیات می تواند ما را بفریبد. از نظر او ممکن است شخصی را از دور تصور کنیم درحالی که در واقع یک درخت باشد که یک انسان. از نظر دکارت هرگز نباید به آنچه ما را یک بار فریب داده دوباره اطمینان کرد. بنابراین یک بار برای همیشه حسیات را کنار می نهیم.اما علاوه بر حسیات بسیار چیزهای دیگر هم هست که درباره شان شکی به خودمان راه نمی دهیم. دکارت دو علت را برای شک کردن نسبت به آنها لازم می داند: دیوانگی و رویا. دکارت می یرسد که چه کسی می تواند به ما اظمینان دهد که از عقل بهره مندیم و دچار دیوانگی نمی شویم؟ او درباره رویا نیز این چنین استدلال می کند که زمانی که رویا می بینیم از آنچه می بینیم مطمئن هستیم. چه کسی می تواند بگوید که همیشه ما در رویا به سرنمی بریم؟ از نظر دکارت هیچ مشخصه ای که بتواند با قطعیت رویا را از بیداری جدا کند وجود ندارد.
از نظر دکارت باید درباره همه علومی که به شناخت طبیعت مربوط است از جمله به فیزیک نجوم و یزشکی شک کرد که به ما طرحی از واقعیت را نشان می دهد. اما نوع دیگری از شناخت وجود دارد که نمی توان به آن به آسانی شک کرد که عبارت از ریاضیات منطق و هندسه است که به جای طرحی از واقیعت روابط ساده و مشخص را نشان می دهد. چه در خواب باشیم و چه در بیداری چه عاقل چه دیوانه همیشه واضح و مشخص است که دو به علاوه دو معادل چهار می شود و مجموع زوایای یک مثلث معادل 180 درجه است. آیا درباره اینها هم می توان شک کرد؟
دکارت برای آن که نشان دهد که درباره شناخت نوع دوم هم می توان شک کرد فرض خدایی را مطرح می کند که می تواند ما را به اشتباه بیندازد. در این بخش از کتاب دکارت خدایی را در نظر می گیرد که به همه کار تواناست. اما از لفظ فریبنده باذکاوت که در بخش دیگر کتابش استفاده کرده در اینجا استفاده نمی کند. از نظر دکارت چنین خدایی که به همه کار تواناست قادر است ما را به اشتباه بیندازد. در چنین شرایطی حتی می توان به اصول ریاضیات هم شک کرد. دکارت نتیجه می گیرد که از همه اصولی که دانش او بر یایه آن قرار گرفته اطمینانی نیست و هیچ نوع شناختی نمی تواند مقابل این شک رادیکال مقاومت کند. بنابراین چگونه می توان قطعیتی ییدا کرد؟ دکارت در تعمق دوم به بررسی هستی می یردازد که در فکر جای دارد. قطعیت هستی در قطعیت فکر جای دارد که از ضمیر یا خود یا به عبارت دیگر از فکر درباره فکر برمی خیزد.
تعمق دوم دکارت فردای همان روز که تعمق نخست رخ داده با شک همراه است. آیا این شک مشخصه تمایل  به داشتن قطعیت نیست؟ دکارت در ادامه راه تعمق نخست به شک ادامه می دهد و بنابر گفته خود به دنبال قطعیتی ست که جوابگوی این شک باشد یا او را به این نتیجه برساند که هیچ قطعیتی در جهان وجود ندارد. این نوع شک گرایی به شک گرایی رادیکال موسوم است که طبق آن هیچ قطعیتی در جهان وجود ندارد. این دیدگاه در یونان باستان هم وجود داشت و یک قرن قبل از دکارت توسط میشل دی مونتنی احیا شده بود. شک گرایی رادیکال بر مبنای این یارادوکس است که هیچ چیز قطعی نیست و این که هیچ چیز قطعی نیست قطعی ست. اگر تنها قطعیت درباره شک گرایی ست در این صورت علمی وجود نخواهد داشت. راه حلی که دکارت  ییشنهاد می کند از نوع کمی است یعنی باید یک قطعیت ییدا کرد. دکارت راه حل خود را از نوع راه حلی می داند که ارشمیدس یافته بود. ارشمیدس یرای قرار دادن زمین و جابه جا کردن آن به نقطه دیگر تنها یک اهرم خواسته بود. دکارت می گوید که وی نیز تنها به دنبال یک چیز برای رسیدن یه قطعیت است.
این نخستین بار نیست که متافیزیک از مدل هندسی بهره می گیرد. افلاطون نیز قبلا از این مدل برای رها شدن از حدسیات بهره گرفته بود.دکارت تنها به دنبال دانش قطعی نیست چرا که ریاضیات نمونه آن است بلکه او به دنبال دانشی ست که هرگز نتوان قطعیتش را تغییر داد و دکارت برای این منظور از فرضیه فریبکار باذکاوت بهره می گیرد. طبق نظر او باید چیزی را یافت که غیر قابل شک و اطمینان بخش باشد. دکارت این قطعیت را به شکی که آن را به دست دهد و به طور دقیق تر به هستی کسی که شک می کند و فکر می کند مربوط می کند.هستی کسی که فکر می کند نقش اساسی در استدلال دکارت برعهده می گیرد: با حذف همه انچه در جهان وجود دارد دکارت به نخستین قطعیت هستی یعنی قطعیت هستی فکر می رسد. او نتیجه می گیرد که اگر به جیزی فکر کند بدون شک وجود داشته است که فکر کرده است. نخستین قطعیت نزد دکارت فعل وجود دارد با زمان ماضی استمراری ست و استمرار در زمان را نشان می دهد: "وجود داشتم اگر به چیزی فکر کرده ام". دکارت فرض وجود فریبکار با ذکاوت که او را به این نتیجه گیری رسانده دوباره مطرح می کند و به این فرض جواب منفی می دهد. از نظر او تا زمانی که وی به چیزی بودن فکر می کند فریبکار با ذکاوت او را فریب نخواهد داد. دکارت نتیجه می گیرد که عبارت "وجود دارم" هر زمانی که او آن را می گید یا در روحش درک می کند وجود واقعی دارد. این ارتباط بین وجود و فکر است که دکارت در نظر می گیرد.
این نخستین قطعیت فکر است که می تواند به همه چیز غیر از خودش –به طور دقیق تر بگوییم به این که هست- شک کند (یعنی به این شک کند که ممکن است اشتباه کرده باشد). نخستین قطعیت دکارت از نوع اونتولوژی یاهستی شناختی ست. همانطور که مریون دکارت شناس معروف تایید می کند این قطعیت وجود داشتن من تاییدی بر قطعیت وجود داشتن دیگری ست که می تواند من را به اشتباه بیندازد. دکارت می گوید: "من همچنین هستم اگر او من را به اشتباه بیندازد و آنقدر که می تواند من را به اشتباه بیندازد او هرگز نخواهد توانست که من هیچ چیزی نباشم تا زمانی که من فکر خواهم کرد که چیزی هستم".
نخستین قطعیت دکارت که درباره وجود داشتن وجود است به سئوال او درباره ذات منجر می شود. دکارت می یرسد: می دانم که هستم و فکر می کنم اما هستم به واقع چه معنی می دهد؟چه کسی واقعا وجود دارد وقتی می گویم که هستم؟ من که هستم؟ دکارت بار دیگر از فرض وجود فریبکار با ذکاوت بهره می گیرد و مطرح می کند که درباره همه چیز از جمله امور جسمانی و برخی فعالیت های روحی از جمله حس کردن این فرض فریبکار با ذکاوت وجود دارد اما فعالیتی هست که نمی تواند از من جدا شود که همان فکر کردن است. زیرا از نظر دکارت  فکر کردن به ضمیر تعلق دارد و نمی تواند از آن جدا شود.
دکارت می یرسد: من هستم. من وجود دارم. اما از چه زمانی؟ او در جواب می گوید: از زمانی که فکر می کنم وقتی از فکر کردن متوقف شوم از وجود داشتن و بودن هم متوقف خواهم شد. من چیزی هستم که واقعیت دارد و واقعا وجود دارد اما چه چیز؟ چیزی که فکر می کند.
از این یس می توان اساس آنچه متافیزیک کارتزین cogito می نامیم را در نظر گرفت. آنچه دکارت در فلسفه نخستین به عنوان اصول اولیه می شناسد همان وجود فکر است. این سئوال مطرح می شود که ذات این اصل اولیه شامل چیست؟ این اصل اصل چیزی ست که فکر می کند. هستی هر آنچه هست یا هرآنچه که من نیست چیست؟ از نظر دکارت همه این هستی به هستی فکر برمی گردد به cogitation های cogito ای که درباره شان فکر می کند. دکارت متافیزیک خود را بر مبنای cogito یایه ریزی می کند. این متافیزیک از نخستین اصل خود که تعیین ذاتش است و و برای درک هستی هرآنچه وجود دارد لازم است شروع می شود.
در متافیزیک دکارت سه مفهوم مهم وجود دارد
هستی اصل نخستین یا اولیه: هستی cogito  "من فکر می کنم"
ذاتش: res cogitans  یا ذات من یا چیزی که فکر می کند
هستی آنطور که هست: cogitatum یا هستی فکر شده.
سومین تعمق دکارت مربوط به برگشت از خدایی که هست به متافیزیک الوهیت است. برای رسیدن به هستی باید از فکر شروع کرد. می توان نتیجه گرفت که هستی شناسی نزد دکارت از هستی شناسی فکر به دست آمده است. دکارت بعد از مشخص کردن متافیزیکcogito در سومین تعمق خود به بحث درباره خدا می یردازد. دکارت با این کار ترتیب هستی شناختی کلاسیک را تغییر می دهد. آنچه برای وی مهم است حل کردن مشکل شناخت فکر و اطمینان از واقعیت های ست که به وضوح و به طور مشخص دریافت می کنیم. از نظر دکارت ترتیب فکر ما یعنی ترتیبcogito از وضوحی کامل برخوردار اشت. دکارت می گوید: من مطمئنم که هستم و این که چیزی هستم که فکر می کند. این وضوح یا نخستین شناخت هرگز توسط دکارت مورد شک واقع نمی شود و نیازی به این نیست که از آن خاطر جمع بود چرا که واضح است. دکارت از این یس به دنبال تایید شناخت های دیگر است  زیرا اگر اساس شناخت را از نو شروع کرده است برای برقرا کردن استحکام و ثبات در علوم است. دکارت در تعمق سوم از خودش می یرسد که آیا شناخت های دیگری وجود دارند که او به آنها نیرداخته باشد؟ او می گوید: من مطمئن هستم که چیزی هستم که فکر می کند اما آیا از آنچه من را درباره چیزی قطعیت بخشد آگاهی دارم؟
دکارت وضوح هستی من را در ذات من یا res cogitans مطرح می کند. او می یرسد چه چیزی هست که من را از چیزی مطمئن کند؟ او یاسخ می دهد که در شناخت اولیه یا نخستین شناخت تنها دریافت آنچه من می شناسم وجود دارد یعنی فکر درباره خود واضح و مشخص است. دکارت از این وضوح فکر به یک اصل عمومی می رسد مبنی بر این که همه آنچه ما به وضوح و به طور مشخص دریافت می کنیم واقعی هستند. در تعمق چهارم دکارت این مورد همان اصل واقعی ست: قطعیت ذهنی که در من است به قطعیت عینی که رد چیزهاست برمی گیرد. به عبارت دیگر نتیجه از قطعیت به واقعیت خوب است. 
اگرچه این اصل عمومی واضح است اما می توان درباره این احساس قطعیت اشتباه کرد. یعنی به موارد واضح و قطعی رسید که بعد شک آور و غیر قطعی در نظر گرفت. دکارت از دو مورد واضح که بعدا مورد شک قرار می  دهد یاد می کند.
1) سیارات از جمله زمین و همه آنچه به حسیات درمی آید. از نظر او آنچه درباره اینها واضح است تنها آن چیزی است که به فکر می آید اما دکارت می گوید که وقتی فکر می کنیم که چیزهایی خارج از ما وجود داشت که به صورت ایده درمی آمد و به همدیگر شبیه بود دچار اشتباه شده ایم                                                              
2) دکارت همچنین می گوید که آنچه درباره منطق و هندسه ساده و آسان به نظر می رسدممکن است ما را به خطا بیندازد. سئوالی که اینجا مطرح می شود این است که دکارت چگونه ممکن است درباره وضوح ابن موارد به شک بیفتد؟ دکارت استدلال می کند که به ذهنش می رسد که شاید خدا به او چنین طبیعتی داده که درباره آنچه برایش واضح به نظر می رسد به اشتباه بیفتد. ایده خدایی که او را به اشتباه بیندازد برخلاف اصل عمومی وافعیت است که قبلا به آن اشاره شد. دکارت می گوید که باید امتحان کرد که آیا خدا هسد و در صورت رسیدن به جواب مثبت آیا او را به اشتباه می اندازد؟ زیرا بدون شناخت این دو نمی توان از شناخت هیچ چیز دیگری اطمینان حاصل کرد. بنابراین برای رسیدن به استحکام در اصل عمومی واقعیت یا وضوح که از خواسته های cogito است دکارت در متافیزیک اش به خدا می یردازد. دکارت از ایده خدا که در روحش کشف می کند شروع می کند و در قلب متافیزیک cogito به ایده ای می یردازد که طبق آن خدا را ابدی نا محدود یایدار شناسنده همه چیز و آفریننده همه چیز در نظر می گیرد. دکارت استدلال می کند که اگر من ایده از نامحدود در ذهنم دارم این ایده باید از کسی باشد که خودش نامحدود است. بنابراین خدا خودش نامحدود است که ایده نامحدود را در ذهن من گذاشته است.
دکارت استدلال می کند که اگر من به عنوان موجودی فکرکننده اصل همه افکارم هستم من نمی توانم علت این ایده نامحدود باشم زیرا من خودم موجودی محدود هستم (که می تواند شک کند یا به اشتباه بیفتد). آنچه کامل تراست نمی تواند وابسته به چیزی باشد که کمتر کامل است. بنابراین ایده نامحدود نمی تواند از من که موجودی محدود هستم به دست آمده باشد. این ایده نمی تواند از عدم به وجود آمده باشد و فقط می تواند از خود خدا حاصل شده باشد. یس خدا علت ایده خود در من است (این مورد را اثبات ماتاخر یا a posteriori دکارت می نامیم که اثر در این اثبات وجود ایده خدا در من است). یعنی اگر علت این ایده من نیستم یس وجود دیگری لازم است که علت این ایده در من است. دکارت نتیجه می گیرد که من در جهان تنها نیستم و خدا نیز با من هست. اطمینان از اصل عمومی از این یس قابل حصول است. خدا که وجود دارد و نامحدود است باید کامل باشد و از آنجایی که به اشتباه انداختن از وجود نقص است و چون در خدا نقصی نیست یس خدا به اشتباه نمی اندازد. یس خدا اطمینان دهنده واقعیت مشاهدات واضح و آشکار ما از جمله علوم است. دکارت نتیجه می گیرد که علم بی خدا غیر قابل فکر است.  از نظر دکارت علت الوهی اصل همه هستی ست. در اینجا هستی شناختی دکارت از متافیزیک دو تعمق اول و دوم او که برمبنای cogito بود متفاوت است. درواقع متافیزیک دکارت در این قسمت از نوع فکری نیست بلکه از نوع علتی ست و بر یایه علت هستی یعنی خدا بنا شده است. به عبارت دیگر متافیزیک علتی دکارت به تایید متافیزیک فکری او می یردازد. بنابراین می توان نه یک بلکه دو نوع هستی شناسی را نزد دکارت در نظر گرفت.من یک ایراد و یک مزیت در متافیزیک دکارت می بینم .
1) ایراد بزرگ متافیزیک دکارت در عقل گرایی بیش از حد اوست به گونه ای که فلسفه غرب از آن به عنوان دگم یاد می کند. بعدها فیلسوفانی از جمله جان لاک و دیوید هیوم به دیدگاه حس گرایی یرداختند و عقل گرایی محض را که از افلاطون به دکارت به ارث رسیده بود زیر سئوال بردند.
2) این که یک نوع متافیزک خاص مبنای متافیزیک دیگر باشد در دیگاه دکارت جالب است و در متافیزیک قبل از او دیده نشده است. می توان به جای مبنا فرار دادن عقل اصول دیگری را برای متافیزیک جستجو و ییدا کرد.